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=== 透明化 ===
染色が終わった標本は[[水酸化ナトリウム]]や[[水酸化カリウム]]のような強[[アルカリ]]の[[水溶液]]や[[プロテアーゼ]]の水溶液の中で、タンパク質の[[ペプチド結合]]を[[加水分解]]してやる。タンパク質分子の間は、既に[[側鎖]]の[[アミノ基]]の部分でホルマリンの[[ホルムアルデヒド]]によって架橋されているため、この分子間架橋のネットワークが残存し、組織は外形を残しつつ適度にすかすかになる。最後にこの標本の中の[[水分]]を[[グリセリン]]で置換してやると、軟組織はほぼ完全に透明化し、赤く染まった硬骨と青く染まった軟骨が外部から容易に観察できるようになる。

この方法では体内に[[脂肪組織]]の発達した比較的大型の動物を透明化することは困難であるが、[[キシレン]]による[[脱脂]]で透明化を実現できる。

なお、[[ヤツメウナギ]]などいくつかの動物では特にアルシアンブルーによる軟骨染色がうまくいかないことが多い。